V období prvních pěti let nového 21. století v čele policejního prezidia i nadále setrvával genpor. JUDr. Jiří Kolář (7. srpen 1998 - 15. srpen 2005), zatím co ve funkci ministra vnitra se vystřídali dva ministři. Byl to Stanislav Gross - ČSSD (5. dubna 2000 – 4. srpna 2004), ministr vlád M. Zemana a Vladimíra Špidlu a nakonec František Bublan - ČSSD (4. srpna 2004 – 4. září 2006), ministr vlád V. Špidly a Jiřího Paroubka.
Z hlediska vývoje kriminality to bylo období poměrně příznivé. Potvrdil se trend z roku 2000, kdy trestná činnost po delší době opět poklesla. V roce 2001 to bylo 358 577, v roce 2002 372 341, v roce 2003 357 740, v roce 2004 351 629 a v roce 2005 dokonce jen 344 060 případů.
Na poklesu trestní činnosti od roku 2002 měla vplyv také novela trestního zákona. Od 1. ledna 2002 se majetkové trestné činy se škodou do 5000 korun staly pouhými přestupky a podléhaly pouze správnímu řízení v kompetenci obecních úřadů. Až do té doby to bylo 2000 Kč.
Úsporná opatření se dotkla služby správních činností. Až do roku 2000 bylo typické, že policie na sebe přebírala víceré agendy ministerstva vnitra, teď nastal trend opačný. Na základě toho k 1. červenci 2000 bylo vydávání občanských průkazů přenesené z PČR na civilní složky ministerstva vnitra. V roce 2003 celou tuto oblast převzaly okresní úřady a obecní úřady s rozšířenou působností.
V polovině roku 2000 přišly změny v činnosti cizinecké a pohraniční policie. Nejdříve – 1. července 2000 byly od ní k civilní složce ministerstva vnitra převedené problematiky evidence a vydávání pasů, které podobně jako tomu bylo v oblasti občanských průkazů v roce 2003 zcela odevzdány okresním úřadům a obecním úřadům, obcí s rozšířenou působností. Ještě předtím – 1. ledna 2002, byla celá tato služba změněna v celostátní útvar – Služba cizinecké a pohraniční policie, vnitřně rozdělené do sedmi oblastních ředitelství – Praha, Brno, České Budějovice, Plzeň, Ústí nad Labem, Hradec Králové a Ostrava. Oblastní ředitelství Praha zahrnovalo také bývalý Středočeský kraj.
Počátkem roku 2001 byly opět přeskupeny policejní síly. K 15. lednu 2001 byly zrušeny následující útvary: Útvar operativní dokumentace SKP, Zvláštní technický útvar SKP, V. odbor SKP a současně vznikly útvary Národní protidrogová centrála SKP, Útvar zvláštních činností SKP a Útvar speciálních činností SKP.
Samotná organizace kriminální policie prošla zatím pouze jedinou změnou, kdy její ředitelství bylo ke 12. únoru 2001 nahrazeno kriminálním úřadem.
Značný dopad na strukturu policie měla ale rozsáhlá novelizace trestního zákonodárství, které jádro proběhlo o rok později. Jednalo se o zákon č. 139/2001 Sb. ze dne 3. dubna 2001, kterým se mění zákon č. 140/1961 Sb. trestní zákon ve znění pozdějších předpisů, s účinnosti od 1. července 2001 a zákon č. 144/2001 Sb. ze dne 4. dubna 2001, kterým se měnil navíc zákon č.141/SB., o trestním řízení soudním (trestní řád), s účinností od 1. května 2001. Dílčí úpravy přinesly i zákony č. 265/2001 Sb., ze dne 29. června 2001, s účinností od 1. ledna 2002, 134/2002 Sb., ze dne 15. března 2002, s účinností od 1. července 2002 a Nález ústavního soudu č. 424/2001 Sb. ze dne 31. listopadu 2001, s účinností od 31. prosince 2001.
Na tomto základě došlo k 1. lednu 2002 ke sloučení kriminální, protikorupční a vyšetřovací služby do služby kriminální policie a vyšetřování. Počet policejních služeb se tím snížil na devět a zůstal tak až do roku 2007. Zrušený byl také do té doby samostatný Úřad vyšetřování pro ČR, včetně svých krajských, okresních, městských a obvodních úřadů. Na okresech teď zůstal pouze jediný okresní útvar PČR. Vše se odrazilo rovněž na názvu služby kriminální policie, který se změnila na službu kriminální policie a vyšetřování (SKPV). Ke stejnému dni se dovětek „SKP“ u všech výše zmíněných institucí SKP změnil na „SKPV“. Stejný dovětek se připojil také k Úřadu dokumentace a vyšetřování zločinů komunizmu. Ředitelé všech celostátních útvarů SKPV byly podřízeni řediteli úřadu SKPV Policejního prezidia.
Změna přinesla zrušení institutu procesně samostatného vyšetřovatele, kterého od 1. ledna 2002 v činnosti nahradil dozorový státní zástupce. Přesto, že Trestní řád vůbec neuvádí popis či název této funkce (pouze uvádí, že vyšetřování provádějí „policejní orgány“), začal se pro označení vyšetřovatele používat titul policejního rady služby kriminální policie a vyšetřování.
V rámci Policejního prezidia došlo také k organizační změně. Jeho bývalý kriminální úřad byl rozdělený na dva úřady – úřad služby kriminální policie a vyšetřování a úřad finanční kriminality a ochrany státu SKPV.
Současně byla Služba policie pro odhalování korupce a závažné trestné činnosti změněna na Útvar pro odhalování korupce a závažné hospodářské trestné činnosti SKPV. který se ale v to podobě udržel pouze do 1. března 2003, kdy byl k němu začleněný úřad finanční kriminality a ochrany státu SKPV. Změnil se tím na Útvar pro odhalování korupce a finanční kriminality SKPV. Po více než roku – 1. března 2003 - byl vytvořený další úřad, který bojoval proti hospodářské kriminalitě – Útvar odhalování nelegálních výnosů a daňové kriminality, obecně nazývaný finanční policie.
Z celé oblasti vyšetřování pak zbyl pouze jeden útvar – Úřad dokumentace a vyšetřování zločinů komunizmu, se stejným dovětkem jako ostatní SKPV, přičemž se stal součástí Policejního prezidia.
Organizační změnou prošla i Ochranná služba, která byla dnem 1. dubna 2002 rozdělena na Útvar pro ochranu ústavních činitelů ochranné služby a Útvar pro ochranu prezidenta ČR ochranné služby.
Největší policejní akci počátku 21. století se stala ochrana summitu NATO, který se uskutečnil ve dnech 21. -22. listopadu 2002 V Praze a zúčastnili se ho nejvýznamnější představitelé všech států NATO. Aby se neopakovala situace z roku 2000, byla PČR ČR připravena ještě lépe, jako před dvěma léty. Mobilizováno bylo 12 000 policistů, v podstatě skoro čtvrtina celkového stavu a na celou akci bylo vyčleněno 450 miliónů Kč, skoro 6x více než v roce 2000. Velice úspěšná policejní ochrana summitu ukázala, že investice do pořádkové policie a její pořádkových útvarů byly úspěšně vynaloženy. V Praze vládl relativní klid, proběhlo jen několik menších demonstrací a pochodů. Agresivita demonstrantů byla ale výrazně nižší, jako před dvěma lety. Pozitivní a možná i rozhodující pro celou ochranu summitu byla skutečnost, že nejagresivnější aktivisté vůbec nebyli na území ČR vpuštěni. Na jednoho demonstranta pak připadli 2-3 policisté, což zabránilo mnoha škodám. Tři tisíce policistů bylo vybavených kryty – tzv. krunýři, které chránily zranitelné částí jejich těla – záda, hrudník, ruce a nohy. Bezproblémové byly také přesuny státníků po Praze.
V letech 2002 a 2003 byly přijaté dva důležité zákony, které svými dopady měly výrazně ovlivnit situaci uvnitř Policie ČR, ale nestalo se tak. Prvním byl zákon č. 218/2002 Sb. z 26. dubna 2002 o službě státních zaměstnanců ve správních úřadech a o odměňování těchto zaměstnanců a ostatních zaměstnanců ve správních úřadech (služební zákon), který měl vstoupit do účinnosti až 1. ledna 2004 s výjimkou několika ustanovení, ale k tomu dlouho nedošlo. Drtivá část jeho ustanovení nabyla účinnosti až 1. ledna 2015!
Druhým byl zákon č. 361/2003 Sb. o služebním poměru příslušníků bezpečnostních sborů z 23. září 2003, který řešil zásadní otázky služebního poměrů příslušníků české policie. Cílem zákona bylo uklidnit situaci uvnitř policie, a stejně tak stabilizovat její stav. Z tohoto důvodu měl zákon platit od 31. října 2003. Z ekonomických, ale i politických důvodů byla účinnost zákona neustále odkládána pomocí dalších a dalších novelizací, kterých bylo nakonec celkem deset. Zákon tak nabyl účinnosti až 1. lednem 2007, což bylo dost neskoro. Uvnitř policie, zejména mezi služebně staršími příslušníky vznikala obava, že další z novelizací zlikviduje odchodné a výsluhu let – příplatek, který je bývalým policistům připlácen k penzi, resp. že do penze nebude započítán. Výsledkem těchto obav a nejisté situace byl odchod tisíců zkušených policistů do civilu nebo do předčasné penze. Výrazně tím vzrostl rozpor mezi odešlými a nově přijatými policisty. Zatím co v roce 2004 bylo 1317 odešlých policistů nahrazeno 1518 novými, v roce 2005 policii opustilo 3386 policistů a přibylo jen 1547. Tento trend pokračoval také po roku 2006.
Ostatní změny do roku 2006 měly také jen organizační charakter. K 1. březnu 2003 byl změněn název Útvaru pro odhalování korupce a závažné hospodářské trestné činnosti SKPV na Útvar odhalování korupce a finanční kriminality SKPV. K němu 1. července 2004 přibyl Útvar odhalování nelegálních výnosů a daňové kriminality SKPV, zrušený nakonec již po dvou a půl roce k 1. lednu 2007. K 1. lednu 2004 proběhla zásadní reforma obvodního článku v Praze. Původních deset obvodních ředitelství bylo sníženo na čtyři s označením I. – IV. Je jasné, že každý z nich řídil několik pražských obvodů.
V období let 2005 – 2010 policii spravovali dva policejní prezidenti - Plk. Mgr. Vladislav Husák (21. září 2005 - 31. březen 2007) a genpor. Mgr. Oldřich Martinů (29. květen 2007 - 31. prosinec 2010), přičemž ministrem vnitra byl Ivan Langer - ODS (4. září 2006 – 8. května 2009), ministr první a druhé vláda Mirka Topolánka a nestraník Martin Pecina - nominant za ČSSD (8. května 2009 – 13. července 2010), člen druhé úřednické vlády, tentokráte vedené Janem Fischerem.
V roce 2006 statistiky zaznamenaly 336 446, v roce 2007 357 931, v roce 2008 343 799, v roce 2009 332 829 a nakonec v roce 2010 313 387 trestných činů. Statistiky tedy vykazovaly poměrně příznivý, a co bylo nejdůležitější, stabilní trend snižování kriminality, což se ukázalo také počátkem druhé dekády 21. století.
V roce 2006 pokračoval trend reálného poklesu příslušníků PČR, jak tomu bylo v roce 2005. Počet nově došlých policistů sice v roce 2006 převýšil odešlých o cca 500 osob, v roce 2007 odešlo k 1. listopadu toho roku 2864 policistů a přišlo 1973. V průběhu roku 2007 se ukazoval předpoklad, že v jeho průběhu od policie odejde rekordní počet 5227 osob, proti 2364 novým. Uvnitř policie vznikal hluboký podstav cca 3500 osob, což již bylo skutečně alarmující. Místo 47 415 policistů sloužilo v říjnu 2007 jen 44 014. (V roce 2008 se podstav zvýšil na 4700 osob.) Zákon č. 361/2003 Sb. o služebním poměru příslušníků bezpečnostních sborů nakonec vstoupil platnost k 1. lednu 2007, ale pro tento rok odchody zkušených policistů do důchodu nezastavil. Tristní byla také úroveň plnění kvalifikačních požadavků, které k 1. lednu 2007 neplnilo cca 6000 policistů, tj. 13,2 z celkového počtu.
Špatná byla situace v oblasti materiálového zabezpečení Policie ČR, kde se začaly už zcela zřetelně projevovat důsledky úsporných balíčků z konce 20. století. Investiční činnost už řadu let stagnovala a měla spíše údržbářský charakter. V důsledku toho pouze několik policejních složek disponovalo vyspělou a době odpovídající technikou, na mnoha útvarech převládaly psací stroje, policejní auta měla nejlepší léta již za sebou. Ekonomická situace státu se na přelomu prvního a druhého pětiletí, začala konečně zlepšovat a tak se mohlo uvažovat o zlepšení stavu v některých oblastech života PČR. Východiskem bylo zvyšování platů. Průměrný plat policistu se od roku 2003 do roku 2008 zvýšil z 23 522 Kč měsíčně na 32 840 Kč a výrazně převyšoval průměrné platy v podnikatelské i nepodnikatelské sféře.
V dubnu 2006 do funkce ministra vnitra nastoupil I. Langr. Spolu se svým novým policejním prezidentem O. Martinů začal pracovat na struktuře nutných změn, která byla nazvána Reforma policie, ale ve skutečnosti šlo předně o pojmenování největších problémů, se kterými se Policie ČR setkávala. Skutečných reformních kroků v ní již bylo méně. V dubnu 2007 vedení resortu svou vizi představilo v dokumentu Reforma policie ČR a související problematiky vnitřní bezpečnosti. Reformu mělo definovat deset základních úkolů, které byly označeny jako „10 pilířů reformy“ - Působnost a pravomoc PČR, Územní členění a organizační struktura Policie ČR, Ekonomické postavení policie, Vnější a vnitřní kontrola, Vzdělávání policistů – klíč k profesionalitě, Služební zákon – práce s lidmi, Projekt P1000 – vstřícná tvář policie, Nová struktura neuniformované policie, Dost bylo papírů aneb elektronizace práce policie a Debyrokratizace.
Základy reformy byly postaveny v roce 2006, projednány v roce 2007 a její hlavní část byla v lednu 2008 představena vládě, která z ní vybrala nejdůležitější částí a jež začaly být realizovány. Již tento postup význam reformy okleštil.
Na prvním místě je nutné uvést přijetí nového zákona 273/2008 Sb. o Policii České republiky ze dne 11. srpna 2008, který nabyl účinnosti 1. lednem 2009. Ustanovení § 8 odst. 2 a přílohy k zákonu ale nabyly účinnosti až 1. ledna 2012 a ustanovení § 118 odst. 1 a 2 pozbyly platnosti uplynutím dne 31. prosince 2011.
Spolu s tím byl schválený (tzv. změnový) zákon č. 274/2008 Sb., kterým se mění některé zákony v souvislosti s přijetím zákona o České policii, přičemž také nabyl účinnosti 1. ledna 2009, ale některá jeho ustanovení (článek XXVII.) nabyl účinností 1. ledna 2010 a řada bodů článků XXIII., XXIV., XXV. a XXVI, dokonce až 1. ledna 2013.
„Policie slouží veřejnosti,“ stálo v 1. §. „Jejím úkolem je chránit bezpečnost osob a majetku a veřejný pořádek, předcházet trestné činnosti, plnit úkoly podle trestního řádu
a další úkoly na úseku vnitřního pořádku a bezpečnosti svěřené jí zákony, přímo použitelnými předpisy Evropských společenství nebo mezinárodními smlouvami, které jsou součástí právního řádu.“
Základní organizační ustanovení stanovovaly paragrafy 5 a 6.
„§ 5 (1) Policie je podřízena ministerstvu. (2) Ministerstvo vytváří podmínky pro plnění úkolů policie. (3) Policejní prezident odpovídá za činnost policie ministrovi.
§ 6 (1) Policii tvoří útvary, jimiž jsou a) Policejní prezidium České republiky (dále jen „policejní prezidium“) v čele s policejním prezidentem, b) útvary policie s celostátní působností, c) krajská ředitelství policie (dále jen „krajské ředitelství“), d) útvary zřízené v rámci krajského ředitelství.
(2) Útvary policie uvedené v odstavci 1 písm. b) zřizuje na návrh policejního prezidenta ministr. Útvary policie uvedené v odstavci 1 písm. d) zřizuje na návrh
ředitele krajského ředitelství policejní prezident.
(3) Policejní prezidium řídí činnost policie.“
Ze zákona ale úplně vymizelo ustanovení, určující způsob jmenování a odvolání policejního prezidenta. Adept na tuto funkci tím de iure i de facto mohl svou nominaci ze strany ministra či vlády na post policejního prezidenta přijmout a využít tím příslušné znění zákona o Policii České republiky z roku 1991 a jeho novelizací, ale podle ustanovení nového zákona v podstatě nebylo nikoho, kdo by ho odvolal. Později byl alespoň způsob jeho jmenování dojednán, přičemž bylo domluveno, že jeho funkční období skončí až po pěti letech. Ale toto dojednání se do znění zákona nedostalo.
Zákon rozšiřoval oprávnění policistů a to: získávání lokalizačních údajů při boji s terorismem, při pátrání po pohřešovaných osobách atd.; vykázání osoby dopouštějící se domácího násilí, ze kterého se faktický stal jednoduchý policejní úkon; ukončení dělení donucovacích prostředků a zbraní na standardní a speciální a pro sdělovací prostředky byla stanovena povinnost uveřejňovat za určitých podmínek informace potřebné pro řešení závažných ohrožení bezpečnosti (např. při pátrání po malých dětech, po starších nebo nemocných osobách či uprchlých vězních).
Na druhé straně polici zbavoval některých povinností, které nebyly považované za nutné. Skončilo nahrazování pořadatelské služby při sportovních a kulturních akcích policií, což se střetlo s velkou kritikou a později se vše vrátilo k původnímu stavu. Skončilo též doručování zásilek soudům a jiným státním orgánům a zjednodušil se systém vyšetřování banálních dopravních nehod, kdy do škody 100 000 Kč poškozený a viník získali právo vyřídit v mnoha případech událost přímo na místě bez přítomnosti policisty. I to se v dalším období promítlo do policejních statistik, které tím vykázaly snížení. Současně došlo k omezení policejní asistencí exekutorům; byla přenesena odpovědnosti za přepravu osob k lékařskému vyšetření a na záchytné stanice a došlo k převodu některých správních řízení v oblasti cizinecké agendy na ministerstvo vnitra (odbor azylové a migrační politiky). Spolu s tím došlo k posílení inspekce ministra vnitra.
Největší změna se ale týkala krajského článku. Až dosud existovalo jen 8 krajských ředitelství, které řídily 79 okresních ředitelství. Zákon určil, že každý kraj má mít vlastní Krajské ředitelství policie, čímž vznikla nutnost zřídit šest nových. V roce 2010 se plánovala výstavba krajských ředitelství v Liberci, Jihlavě a Olomouci, v roce 2011 v Karlových Varech, Pardubicích a Zlíně. Vše mělo celkově stát 5-7 miliard Kč, přičemž část z těchto prostředků se měla získat prodejem nepotřebného materiálu a budov.
Druhou základní organizační změnou se podle reformy mělo stát zřízení dvouúrovňového řízení Policie ČR, místo stávajícího tříúrovňového. Zcela vypadnout měl totiž okresní článek a zůstat mělo jen Policejní prezidium a krajská ředitelství policie. Krajská ředitelství se měla spojit s územními odbory vnější služby a územními odbory služby kriminální policie a vyšetřování. Zjednodušeně řečeno: okresy se měly stát součástí krajů, ale současně si uchovat své podřízené složky.
Měla tím být zvýšena role krajského ředitele a jeho postavení v nových podmínkách nastínil policejní prezident O. Martinů: „Krajský ředitel určí jednoho z obou vedoucích územních odborů v místech bývalých okresních ředitelství, který bude rozhodovat ve věcech týkajících se celého teritoria, rozhodovat o nasazení sil a prostředků při mimořádných událostech (kromě rozhodování v systému akceschopnosti), vystupovat jménem Policie ČR ve vztahu k orgánům státní správy a samosprávy, k médiím, k fyzickým i právnickým osobám (vyjma kompetencí, které si vyhradí služební funkcionář krajského ředitelství).
Bude zajištěn jednotný výklad resortních předpisů týkajících se oběhu účetních dokladů pro materiálně technické zabezpečení výkonu služby a zjednodušení tohoto oběhu.
Kromě těchto opatření, která budou provedena neprodleně, zdůraznil policejní prezident také význam dlouhodobých úkolů:
Pokračovat v přesnějším definování parametrů služeb poskytovaných Policií ČR i realizovaných uvnitř policie na základě zákaznického principu a transparentnosti (jasný systém poskytování služeb na základě potřeb a požadavků vnějších i vnitřních zákazníků).
Po výročním vyhodnocení fungování 14 organizačních složek státu (krajských ředitelství) posoudit možnost ekonomického postavení Policie ČR jako jedné organizační složky státu s transparentním řízením finančních prostředků a majetku.“
Další částí reformy byla reorganizace pravomocí a podřízenosti náměstka policejního prezidenta pro službu kriminální policie a vyšetřování. Náměstek měl řídit tři tzv. pilíře. První z nich zahrnoval Útvar pro odhalování organizovaného zločinu SKPV, Útvar odhalování korupce a finanční kriminality SKPV, Národní protidrogovou centrálu SKPV, Úřad služby kriminální policie a vyšetřování Policejního prezidia České Republiky, jehož součástí je INTERPOL, EUROPOL a SIRENE. Druhý pilíř Útvar zvláštních činností SKPV, Útvar speciálních činností SKPV a Kriminalistický ústav Praha. Třetí pilíř tvořil jen Útvar rychlého nasazení. V perspektivě se měl zřídit Národní kriminální úřad.
Byl snížen celkový počet řídicích míst o 1228 osob, z toho 855 policejních a 373 pracovních. Původní poměr mezi řídícími a řízenými pracovníky se snížil z 1 : 8 na 1 : 11. Současně bylo zrušeno 783 služebních a pracovních míst v policii, z toho 210 služebních a 573 pracovních. Počet vnitřních předpisů byl snížen o 20 procent.
Důležitou součástí reformy byl projekt P1000, který v podstatě začal již v roce 2006. Jeho smyslem bylo kvalitativně zvýšit materiálně technickou základnu policie. Do obnovy vozového parku mělo být investováno 1,4 mld. Kč a do projektu P1000 3,6 mld. Kč, za které se měly nakoupit vozy Audi a Škoda, v nové barevné úpravě, viditelné také v noci. Do roku 2011 se plánovalo koupit 3 800 vozidel, z toho 3500 osobních, v celkové hodnotě 1,3 mld. Kč. Nová auta měla od té doby na zeleném pásu nápis Pomáhat a chránit.
V rámci změn byly v říjnu 2008 představené nové policejní automobily Škoda Oktavia. Bílá podkladová barva byla nahrazena stříbrnou metalízou a zelené pásy žlutě-modrým kombinovaným reflexním pásovaním. Nápis Pomáhat a chránit zůstal. V listopadu 2008 již jezdilo 680 kusů těchto nových policejních aut.
Současně byl plánován nákup počítačů, informačních systémů, spojení atd. Již v roce 2006 proběhla nejnutnější rekonstrukce 538 útvarů policie a bylo nakoupeno 30 pojízdných služeben k řešení dopravních nehod a ICT materiál za 280,7 mil. Kč. V roce 2007 bylo vybudováno 56 otevřených recepcí za 211 mil. Kč a opravy jiných objektů za 285,6 mil. Kč, zakoupeno dalších 30 pojízdných služeben a ICT a ostatní materiál za 11 mil. Kč. V roce 2008 bylo modernizováno 131 policejních služeben za 438 mil. Kč, proběhla rekonstrukce dalších zázemí a vybavení útvarů za 752 mil. Kč, koupeno 80 pojízdných služeben a ICT pro ně za 86 mil. Kč. V letech 2009-2010 měly být vybudováno 130 služeben za 438 mil. Kč a další a další materiál. Výrazné bylo zvýšení připojení policejních služeben na internet z 9,8% v září roku 2006 na 99,5% v prosinci 2008.
„Jsem rád, že mohu konstatovat, že reforma Policie České republiky stojí na pevných základech a že po zhruba 2 letech příprav se nám podařilo úspěšně přejít do nových právních a ekonomických podmínek,“ uvedl k tomu policejní prezident O. Martinů.
Spolu s prací na reformě, začaly její první kroky také v oblasti organizace. K 1. únoru 2006 byl ředitel Útvaru odhalování nelegálních výnosů a daňové kriminality SKPV převedený z podřízenosti náměstka policejního ředitele k řediteli SKPV, což posílilo jeho postavení. Útvar ale již dlouho neexistoval. Dnem 1. ledna 2007 byl zrušený a jeho problematiky byly rozdělené mezi Policejní prezidium a celorepublikové útvary SKPV, což se střetlo se značnou kritikou ze strany veřejnosti. Po půl roce – 1. června 2007, byl řediteli úřadu SKPV podřízený také Úřad dokumentace vyšetřování zločinů komunizmu SKPV, což nakonec vedlo 10. října 2007 k sjednocení funkce náměstka pro trestní řízení a ředitele ÚSKPV.
Již předtím – 1. dubna 2006, byla na úrovni Policejního prezidia sloučena ředitelství služby železniční policie a služby pořádkové policie, v jedno společné ředitelství. Z hlediska železniční policie, které dějiny od jejího vzniku jsou v mnoha ohledech dějinami její reorganizace, to bylo jen dočasné řešení, protože celá služba železniční policie 1. ledna 2009 svou činnost skončila a převzala ji služba pořádkové policie. Počet policejních služeb se tím snížil na osm.
Se vstupem do Schengenského prostoru 21. prosince 2007 byla prakticky odbourána ochrana pozemních státních hranic a 29. března 2008 skončily kontroly na českých letištích, což znamenalo transformaci služby cizinecké a pohraniční policie na službu cizinecké policie. Dnem 1. ledna 2008 došlo k reorganizaci celé této instituce a Služba cizinecké a pohraniční policie se změnila na Službu cizinecké policie.
Součástí reformy byla také úprava středního stupně vzdělávání, která proběhla v letech 2007-2008. Stávající střední školy byly většinou změněné na vyšší odborné školy. PČR pak měla k dispozici Vyšší policejní školu a střední policejní školu MV v Praze-Hrdlořezech, Vyšší policejní školy MV v Brně, Jihlavě a Pardubicích, Vyšší policejní školu a střední policejní školu v Holešově.
V letech 2007 a 2008 byly provedeny některé změny v územní působnosti správ krajů, které připravovaly policii na konečnou změnu její územní organizace, v čemž byl spatřován jeden ze základních cílů reformy. Na jedné straně byla k 1. lednu 2007 sloučena okresní ředitelství Praha-východ a Praha-západ do jediného s názvem Okresní ředitelství PČR Praha-venkov, které pokrývalo oba tyto okresy. Současně byla rozšířena působnost Okresních ředitelství PČR Plzeň-město a Ostrava-město na některé okolní obce, což rozšířilo obvod jejich působnosti.
V roce 2007 byly pokusně zařazené dva okresy – Vsetín a Prostějov do působnosti Správy PČR Jihomoravského kraje a Správy PČR Severomoravského kraje, čímž došlo k začlenění celého Zlínského a Olomouckého kraje do působnosti jediné správy. Přesto Liberecký kraj a kraj Vysočina pokrývala působnost několika krajských správ PČR. Tento nedostatek byl odstraněný 31. prosince, kdy do působnosti Správy PČR Jihomoravského kraje byly začleněny okresy Pelhřimov a Havlíčkův Brod a do působnosti Správy PČR Severočeského kraje okres Semily. Teď se již hranice stávajících krajů fakticky ztotožňovaly s hranicemi policejní krajské soustavy, i když některé krajské správy PČR obsluhovaly pouze jeden správní kraj a jiné dva či tři kraje.
Hned následujícího dne – 1. ledna 2009, byly policejní krajské správy přejmenovány na Krajská ředitelství policie. Tento akt neměl jen formální charakter, ale byl výrazem zvýšení úlohy a autority krajských správ, cestou likvidace správ okresních. Ke stejnému dni byla všechny okresní ředitelství zrušena a stala se součástí krajských správ. Všechna okresní instituce celostátních útvarů se stala součástí Krajského ředitelství, jako např. územní pracoviště SKPV. Krajská ředitelství tak v sobě zahrnovala nejenom stávající krajská oddělení, čemu přibyla rovněž bývalá okresní pracoviště. Městská a obvodní ředitelství zůstala zachována, ale významná část rozsahu jejich působnosti byla převedena na krajská ředitelství. Městské ředitelství PČR Ostrava přitom rozšířilo svou územní působnost na zbytek území okresu Ostrava- město, což předtím nebylo. K 1. lednu 2010 se počet krajských ředitelství policie zvýšil na 14, čímž byl stávající nesoulad vyřešený, čímž bylo s předstihem dosaženo stavu, který zákon předpokládal od roku 2012. Tato situace trvá dodnes.
Do této sktruktury byly 1. ledna 2009 zařazené také dopravní inspektoráty dopravní policie, předtím začleněné nejdříve do obvodních a městských ředitelství policie a po zrušení okresních ředitelství ke krajským ředitelstvím.
Posun nastal také v počtu základních policejních služeb, který se opět zvýšil na deset.
K 1. lednu 2009 vznikla kriminalisticko-technická a znalecká služba, i když v Policii ČR existovala od její vzniku. Jednalo se zejména o Kriminalistický ústav, který byl nejdříve podřízený přímo Policejnímu prezidiu, pak se k 1. lednu 1994 stal součástí Ředitelství služby kriminální policie. Poté – 1. ledna 1995, se změnil v celostátní útvar, aby byl od 17. září 1990 podřízen náměstkům policejního prezidenta. Dnem 1. ledna 2009 byla zřízena další, a to zcela nová Pyrotechnická služba, ustanovená až 1. března 2009.
Změnou prošla bývalá služba správných činností, které po dalších reorganizacích v podstatě zůstala pouze agenda zbraní. Tomu od 1. ledna 2009 odpovídal i její nový název Služba pro zbraně a bezpečnostní materiál.
Krátce po schválení policejní reformy, se ale opět nastaly problémy. Tří měsíce po realizaci její nejdůležitějších kroků – 24. března 2009 padla vláda M. Topolánka a na program dne se dostala kritika některých pilířů policejní reformy. Vše zkomplikovalo výrazné zhoršení české ekonomiky, což vedlo k tlaku na snížení rozpočtu ministerstva vnitra i Policie ČR. Situaci se vládě M. Topolánka nepovedlo zastavit ani reformou veřejných financí v roce 2007, zavedením různých poplatků a změnou DPH. Hodnota HDP se v roce 2009 propadla do mínusových čísel. V 1. Kvartálu klesla na -3,6 %, v druhém to bylo dokonce – 5,8 %, ve třetím – 5,5 %, ve čtvrtém – 2,9 %. Úřednická vláda M. Fišera v září 2009 v parlamentu prosadila nové úsporné balíčky, poté hodnota HDP začala růst, ale do plusových čísel se dostala ž v 1. kvartálu 2010, kdy stoupla na 1,1 %.