Po skončení listopadových událostí došlo k řadě kádrových a organizačních opatření, které ve své podstatě končily se Sborem národní bezpečnosti. Již 3. prosince 1989 se vzdal funkce federální ministr vnitra Fr. Kincl, kterého nahradil František Pinc. Ve funkci se ale udržel jen do 10. prosince 1989, kdy padla vláda L. Adamce, ke konci svého období vedena M. Čalfou a byla nahrazena Vládou národního porozumění opět v čele s M. Čalfou. Vznikla kuriózní situace, kdy v čele rezortu stála trojice politiků – M. Čalfa, J. Čarnogurský a V. Komárek. Ale ani tato vláda a tito ministři nezabránili rozsáhlé skartaci archivních dokumentů ŠtB, která začala kolem 22. listopadu a vrcholila v prosinci. Všichni tři ve funkci zůstali až do 30. prosince 1989, kdy je nahradil Richard Sacher, první nekomunistický ministr vnitra od roku 1945. Ve funkci ministra působil do 27. června 1990, kdy ho po prvních svobodných volbách nahradil Ján Langoš, za kterého funkčního období SNB zanikl.
Na úrovni české vlády funkci ministra vnitra a životního prostředí zastával do 5. prosince 1989 Václav Jireček, kterého ve vládě Fr. Pitry nahradil Antonín Hrazdíra. Tuto funkci zastával také za I. vlády Petra Pitharta, který do funkce nastoupil 6. února 1990. Po prvních demokratických volbách se 29. června 1990 v II. vládě P. Pitharta se ministrem vnitra stal nejdříve Tomáš Hradílek, kterého 14. listopadu 1990 nahradil pražský městský prokurátor Tomáš Sokol, jenž svou funkci vykonával do 2. července 1992.
Sbor národní bezpečnosti hned po listopadových událostech začal procházet řadou změn. V důsledku likvidace principu vedoucí úlohy KSČ byl v Sboru zaveden princip apolitičnosti, kdy žádný z příslušníků nesměl být členem žádné politické strany. Na základě toho byly do konce roku 1989 zrušené všechny stranické organizace v rámci resortu a Sboru, včetně Ústavu marxizmu-leninizmu VŠ SNB. Celou problematiku definitivně řešil rozkaz ministra vnitra ČSFR č. 48 Sb. z 30. března 1969, který všem příslušníkům uložil povinnost ukončit své členství v politických stranách nebo hnutích.
Souběžně začalo prošetřování podílů jednotlivých velitelů, příslušníků SNB a jejich útvarů pro porušení zákonnosti v průběhu potlačení demonstrace 17. listopadu na Národní třídě v Praze, přesto že příslušná Komise pro vyšetřování těchto událostí vznikla až usnesením Federální shromážděni č. 34 z 20. září 1990. Na podmínky resortu jeho úkoly prováděl rozkaz ministra vnitra ČSFR č. 127 z 5. prosince 1990.
Tehdy došlo k rušení těch útvarů SNB, které se podílely na represích vůči demonstrantům. Na základě usnesení vlády ČSR č. 3. ze dne 10. ledna 1990 byl zrušen Pohotovostní pluk VB ČSR a byl nahrazený odbornou nástupní školou VB pro ČSR. Na základě usnesení vlády ČSSR č. 128 ze dne 26. února 1990 byly zrušené všechny pohotovostní útvary VB po celém území státu.
Dne 16. února 1990 byl reorganizován Odbor zvláštního určení VMV na Útvar FMV pro rychle nasazeni (URN nebo také URNa), který zanedlouho dostal příležitost rehabilitovat se za události 17. listopadu. Několikrát rázně zasahoval v průběhu vzpour vězňů, zejména při potlačení vzpoury v Leopoldově v březnu 1990. Záhy se stal nejúčinnější policejní institucí v ČSSR a ve veřejnosti získal značnou autoritu. Dnem 25. června 1991 byl nahrazen nově zřízenou Jednotkou rychlého zásahu FMV. Útvar se nadýmal, rostl, měl velké plány a ambice. Vše se však vrátilo k původnímu rozsahu jeho činnosti v červnu 1991, kdy se opět změnil pouze v celostátní zásahovou jednotku.
Zákonem č. 181/1990 Sb. z 3. května 1990 byla s účinností od 31. července 1990 zrušena Vysoká škola SNB. Její studenti přešli do nově zřízeného Institutu FMV pro výchovu a vzdělání, nebo mohli své studium ukončit na jiné vysoké škole právního typu. Institut se podle zákona č. 232/1992 Sb. změnil v Policejní akademii. Změny pak následovaly na všech úrovních resortního školství.
Na konci zimy došlo ke změně názvu našeho státu. Nejdříve 29. března 1990 byl ústavním zákonem č. 81/1990 Sb. název Československá socialistická republika nahrazen názvem Československá federativní republika a 20. dubna 1990 došlo ústavním zákonem č. 101/1990 Sb. také ke změně tohoto názvu na Česká a Slovenská federativní republika, vše se zkratkou ČSFR Současně se slovo „socialistická“ odstranilo z názvu obou republik, které se poté nazývaly České republika (ČR) a Slovenská republika (SR).
Souběžně s tím došlo k řadě personálních změn. Na prvním místě pozornosti se nejdříve dostala otázka návratu příslušníků SNB, kteří byli po roce 1968 nuceni opustit Sbor. Již 5. ledna 1990 nový ministr vnitra ČSSR R. Sacher vydal svůj rozkaz č. 4., který zřídil Komisi FMV k přípravě rehabilitačního řízení. Komise záhy prověřovala nejenom případy z let 1968-1970, ale také všechny v letech 1948-1989. Do Sboru se tak vrátili stovky zkušených příslušníků, kteří ale kvůli svému vysokému věku museli po několika letech Sbor zase opustit. Svou roli sehráli počátkem roku 1990 především na úrovni ministerstev, kde se stali členy různých analytických skupin, ze kterých se snažili prosadit reformy z roku 1968.
Na druhém straně probíhala celkově již čtvrtá očista SNB, tentokráte však od těch příslušníků, kteří nedávali záruku, že by byli v nových podmínkách záštitou nového demokratického systému. Vláda ČSSR již 11. ledna 1990 přijala dokument Zaměření činnosti resortu federálního ministerstva vnitra a jeho složek v období Vlády národního porozumění. Poté ministr R. Sacher vydal svůj rozkaz č. 21 ze 7. února 1990, kterým zřídil prověrkovou komisi FMV a současně vydal Zásady pro zřizování a činnost prověrkových komisí. Předsedou komise byl jmenován náměstek ministra plk. J. Procházka. Protože prověrky neprobíhaly podle představ, byl 9. května 1990 přijatý zákon o novelizaci zákona č. 100/1970 Sb. o služebním poměru příslušníků SNB, který zkracoval dobu uvolnění příslušníka SNB ze služby a řešil řadu dalších otázek. Na jeho základě ministr vnitra ČSFR vydal 15. května 1990 svůj rozkaz č. 61. o občanských komisích působících v resortu. Pod jejich dohledem pak na jaře a počátkem léta 1990 proběhly prověrky ve všech útvarech SNB. Příslušníci SNB, kteří prověrkami neprošli, byli zařazování do reserv a poté propouštěni ze služebního poměru. Stovky příslušníků StB musely mezitím několik měsíců sedět v čase své řádné pracovní doby doma a až do svého propuštění pobírali pouze část své výplaty. Propuštěni byli nakonec bez nároku na odchodné a výsluhu let, což jim zaručoval zákon 100/1970 Sb. Mnozí z nich si vše později vysoudili a tyto částky jim museli být dodatečně vyplacené.
Nejdůkladněji totiž prověrky proběhly na bývalých útvarech StB, kterých likvidace započala rozkazy federálního ministra vnitra 12. ledna a skončila 16. února 1990, rozkazem č. 16 z 31. ledna 1990. Kromě Hlavní správy vojenské kontrarozvědky a Správy vývoje automatizace byly zrušeny všechny dosavadní správy StB. K 16. únoru 1990 je nahradily: Úřad FMV pro pasovou službu a cizineckou agendu, do které byly převedeny\ problematiky z HS PS a OSH, Úřad FMV pro správní službu a legislativu, Zpravodajská služba FMV (nahradila bývalou I. správu SNB), Úřad FMV pro ochranu ústavy a demokracie (nahrazoval bývalé II., IV., VI., XII., XIII. správy SNB), Úřad FMV pro ochranu ústavních činitelů (nahrazoval bývalou V. správy SNB), Úřad FMV pro vyšetřování protiústavní činnosti (nahrazoval bývalou správu vyšetřování StB ) a již uvedený Útvar FMV pro rychle nasazeni.
Úřad FMV pro ochranu ústavy a demokracie pak prošel několika reorganizacemi. K 20. prosinci 1990 se změnil ve Federální informační službu FMV (FIS FMV), k 30. červnu 1991 ve Federální bezpečnostní informační službu (FBIS) a k 1. lednu 1993 v Bezpečnostní informační službu České republiky (BIS ČR).
V návaznosti na to byla likvidovaná struktura StB v krajích, okresech a obvodech a okamžitě nahrazena složkami příslušných výše uvedených úřadů.
Likvidaci Státní bezpečnosti de facto skončila existence Sboru národní bezpečnosti, který byl od tohoto data více méně totožný s Veřejnou bezpečností, protože jen minimum příslušníků SNB, např. učitelé společného základu na VŠ SNB, nebo pracovníci některých centrálních správ SNB, nebyli před listopadem1989 zařazeni ani k VB, ani k StB.
Na základě dohod s FMNO byla nakonec zrušena i HS VKR a k 1. červnu 1990 převedena pod FMNPO pod názvem Úřad FMV pro obranné zpravodajství. Řídilo ho FMV a podléhaly mu také PS a VMV. Tato instituce byla pak ministrem J. Langošem 30. září 1990 zrušena. Další reorganizaci se nevyhnula ani Zpravodajská služba FMV, která byla rozkazem ministra k 1. listopadu 1990 nahrazena Úřadem FMV pro zahraniční styky a informace, se značným stupněm samostatnosti.
Kromě těchto úřadů pod FMV i nadále spadaly příslušné organizační služky, inspekce ministra a nejdůležitější instituce Veřejné bezpečnosti: Federální správa Veřejné bezpečnosti, Vysoká škola Sboru národní bezpečnosti, Správa spojení SNB, Letecká správa SNB, Správa vývoje automatizace SNB, Správa stavebně ubytovací služby SNB, Správa tělovýchovy a vrcholového sportu, Hlavní správa Pohraniční stráže a ochrany státních hranic a Správa vojsk MV. Následně vzniklo několik nových úřadů a institucí, ze kterých byl nejvýznamnější odbor boje s mezinárodní zločinnosti a odbor pro spolupráci s Interpolem. Na 59. Valném shromáždění Interpolu v Ottavě v roce 1990, byla přijata naše žádost o přijetí do Interpolu a 16. prosince 1990 byla v Praze zřízená Národní ústředna Interpolu Praha.
V oblasti činnost VB nebyla situace nejlepší. Po rozsáhlé amnestii prezidenta V. Havla, bylo propuštěno 23 000 z 31 000 vězňů, mezi nimi i recidivisté, kteří jinou činnost, jako zločin neznali. Prudce vzrostla kriminalita, i když amnestanti se na ní podíleli jen z 9 procent. Pouze v roce 1990 stoupla kriminalita o 80 procent (!) a dosáhla výše 286 724 trestných činů. V dalších letech 1990 a 1991 tento trend dále gradoval. V roce 1991 to bylo 371 155 trestných činů a v roce 1992 dokonce 450 265 trestných činů, což za tři roky značilo vzrůst skoro o 300%! Radikálně se zvýšil počet násilných trestných činů. Zatím co např. vražd bylo v roce 1989 v Česku 126, v roce 1990 to bylo skoro o 160% více – 305 v Československu, 212 v Česku. V roce 1994 to již v Česku bylo 286 vražd. Útočilo se na staré lidi, např. první vražda v roce 1990 v Česku se udála již 4. ledna v Praze, když dva amnestanti ubili k smrti 83-letého muže. Otřesných vražd seniorů se pak v celém tomto období událo několik.
Mnohem závažnější dopad měl vznik atmosféry, ve kterém se příslušníkům VB proti skutečným pachatelům jen velice těžce zasahovalo. Autorita VB klesla na nejnižší úroveň a společnost se začala k této složce chovat lépe až po ukončení vlny vězeňských vzpour a prolomení první vlny vzestupu polistopadové kriminality. V dalších letech se ale objevily zcela nové formy kriminality, na které naše bezpečnostní orgány připravené nebyly – zneužívání velké a malé privatizace, fakturační podvody, nájemné vraždy tzv. bílých koní, vznik první gangů a zločineckých seskupení, vykrádání kostelů nebo muzeí, spojené s masivními krádežemi starožitností a jejich vývozem za hranice republiky, mezinárodní zločin, pašování drog atd.
V listopadu 1990 ministr vnitra ČSFR svým rozkazem č. 119 ze 14. listopadu 1990 zrušil Federální správu VB a nahradil ji Centrálou federální policie, která převzala její úkoly. Ale ani zde nebyl vývoj u konce, protože i tato instituce se podle zákona č. 333 z 10. července 1991 změnila ve Federální policejní sbor, přičemž vznikl i Sbor hradní policie. Nové změny pak na území resortu přenesl rozkaz ministra vnitra ČSFR č. 95 z 2. září 1991 a po rozdělení ČSFR její útvary přešly pod Policii ČR.
Podobným vývoje přešly i složky Veřejné bezpečnosti, podřízené českému ministerstvu vnitra, i když poněkud později jako v případě FMV, ke kterému směřovala od počátku roku 1990 hlavní pozornost. K 1. listopadu 1990 bylo opět zřízené Hlavní velitelství VB ČR, které řídilo republikovou součást VB. Následně došlo k několika reorganizacím a přejmenování některých složek republikové VB. Skutečnou změnu přinesl nástup ministra vnitra ČR Tomáše Sokola, který svým rozkazem č. 81 z 30. prosince 1990 stanovil novou strukturu bezpečnostního úseku svého ministerstva. Reforma vstoupila v platnost 21. ledna 1991. Kromě již tradičních útvarů, zajišťujících chod ministerstva, v jeho rámci vzniklo pět odborů – I. policejní správa, II. vnitřní správa, III. ekonomické zabezpečení, IV. zdravotnické a sociální zabezpečení a V. legislativa. Současně ke stejnému datu vznikly dva útvary – obnovená Správa vyšetřování VB s příslušnými složkami na nižších úrovních a Hlavní týl pro Veřejnou bezpečnost, čímž se počet celorepublikových institucí zvýšil na čtyři (plus Hlavní velitelství VB pro ČR a Inspekce pro VB ČR)
Celý tento proces byl ukončený 21. června 1991, kdy Česká národní rada schválila zákon č. 283/1991 Sb., o Policii České republiky, a na jeho základě vznikla dnem 15. července 1991 Policie České republiky a dějiny Sboru národní bezpečnosti tím na úrovni České republiky i de iure skončily.
Na úrovni Slovenské republiky dějiny SNB skončily přijetím zákona č. 204/1991 Sb. o Policejním sboru Slovenské republiky, který SNR přijala dubna 1991 a účinnost nabyl 20. června stejného roku.
Poté SNB existoval již jen na federální úrovni i zde byl likvidován i de iure zákonem č. 333/1991 Sb. o Federálním policejním sboru a Sboru hradní stráže, ze dne 10. června 1991. Zákon, na základě kterého došlo ke spojení SNB a PS, nabyl účinností 27. srpna 1991.